2021年6月5日，穗莞深城际机前段第二台泥水平衡盾构机——“深湾二号”完成始发，标志着国内最长城际海底盾构隧道开始双线掘进，穗莞深城际工程建设取得重大进展。
穗莞深城际轨道改名为：穗深城际轨道。穗莞深城际轨道交通线是珠江三角城际轨道交通网主轴线之一，也是首个由广东省主导的城际轨道交通建设项目。该项目线路走向起于广州东站，经东莞至深圳机场，线公里，全程运行时间大约为60分钟。
2021年6月5日，穗莞深城际机前段第二台泥水平衡盾构机——“深湾二号”完成始发，标志着国内最长城际海底盾构隧道开始双线掘进，穗莞深城际工程建设取得重大进展。
12月15日，穗莞深城际铁路正式开通运营，成为沟通广州、东莞、深圳三市的快速轨道交通通道。
全线设新塘南站、中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、东莞港站、厚街站、虎门北站、虎门东站、长安西站、长安站、沙井西站、福海西站、深圳机场北站、深圳机场站共15个车站。
新塘站(不含)、增城开发区站、荔湖城站、镇龙站、平岗站、佛郎村站、马头庄站、健康产业城站、竹料站、机场T3站、机场T2站、机场T1站、花山、天贵路、广州北(不含)
而深圳市民也可以通过11号线至深圳机场，转乘该城际轨道到达东莞和广州，三地的交往将更加便捷。
地铁11号线与穗莞深城际轨道在机场北站实现换乘，20号线通车后也可在机场北换乘。
